Ως προς την ουσία του μυστηρίου δεν υπάρχουν διαφορές. Υπάρχουν όμως σχετικά με τη φύση των επιτιμίων και άλλων αντιλήψεων σχετιζομένων με αυτά, τα οποία κατά διαφορετικό τρόπο εκδέχεται η κάθε μία Εκκλησία.
Ενώ κατά την Ορθόδοξη πίστη τα επιτίμια είναι όπως ήδη παρατηρήσαμε παιδαγωγίες και φάρμακα πνευματικά αποβλέποντα στη διασφάλιση της μετάνοιας αμαρτωλών και στη στερέωσή τους στο νέο βίο τον αρξάμενο με την μετάνοια, η Ρωμαϊκή Εκκλησία τα θεωρεί ως μέσα κατευναστικά και ικανοποιητικά της θείας δικαιοσύνης.
Το ρωμαιοκαθολικό αυτό δίδαγμα στηρίζεται στην περί ποινών ιδιαίτερη αντίληψη της δυτικής θεολογίας. Κατ’ αυτήν οι ποινές οι οφειλόμενες στα αμαρτήματα —κυρίως τα σοβαρά— είναι δύο ειδών, οι αιώνιες και οι πρόσκαιρες. Και οι μεν αιώνιες συγχωρούνται στο μυστήριο της μετάνοιας, όχι όμως και οι πρόσκαιρες (οι ελαφρότερες δηλαδή), δια την άρση των οποίων ο αμαρτωλός πρέπει να τιμωρηθεί, ώστε δια της τιμωρίας του να ικανοποιηθεί η θεία δικαιοσύνη. Οι ποινές αυτές που έχουν εξιλαστικό χαρακτήρα πληρώνονται στη γη αυτή από τους αμαρτωλούς αν όμως δεν προλάβουν, τους προλάβει δηλαδή ο θάνατος, θα συνεχίσουν την αποπληρωμή τους μετά θάνατο, σε ειδικό τόπο βασάνων, το λεγόμενο καθαρτήριο (Purgatorium). Όπως και η λέξη φανερώνει, στο καθαρτήριο πυρ οι ψυχές καθαίρονται, καθαρίζονται από τα υπολείμματα της αμαρτίας, τιμωρούμενες. Μετά το πέρας της καθάρσεως οι ψυχές βγαίνουν από το καθαρτήριο, εισερχόμενες στη βασιλεία του Θεού. Εννοείται ότι οι θανάσιμα αμαρτήσαντες στη ζωή και μη μετανοήσαντες σε τίποτε δεν ωφελούνται, αλλά μόνο κολάζονται. Σε όλη αυτή τη θλιβερή διαδικασία των τέκνων της η Εκκλησία, σαν μητέρα στοργική, δεν μένει απαθής και αδιάφορη. Με την εξουσία που έχει από το Θεό και χρησιμοποιώντας το θησαυρό της περισσεύουσας αξιομισθίας των αγίων, μπορεί να παρέμβει δραστικά υπέρ των οδυνωμένων τέκνων της, συντέμνουσα ή αίρουσα παντελώς τις ποινές είτε εδώ στη γη, είτε στο καθαρτήριο, εκδίδοντας γραπτές αφέσεις ονομαστικά για κάθε βασανιζόμενο τέκνο της, στις οποίες βεβαιώνεται με υπογραφή η άρση των βασάνων, ώστε να ησυχάζουν από το μαρτύριό τους τα τέκνα της.
Τα διδάγματα αυτά φυσικά δεν μπορεί να επικροτήσει η Ορθόδοξη Καθολική Εκκλησία. Πρωτίστως δεν είναι ορθή η διάκριση των ποινών σε αιώνιες και πρόσκαιρες και μάλιστα ότι οι αιώνιες στη μετάνοια συγχωρούνται, οι δε πρόσκαιρες όχι και ότι για τις τελευταίες πρέπει να εξιλεώσει το Θεό τιμωρούμενος ο άνθρωπος. Δηλαδή η μυστηριακή χάρη μπορεί να συγχωρήσει τις αιώνιες ποινές, τις βαρύτερες, και όχι τις ελαφρότερες, τις πρόσκαιρες; Που δε οφείλεται η αδυναμία αυτή; Να είναι άραγε ελλειματική η δύναμη του λυτρωτικού έργου του Χριστού, ώστε να μη μπορεί να αφανίσει στην ολότητά τους τις συνέπειες της αμαρτίας; Να δύναται το μεγαλύτερο και το σημαντικότερο και να μη μπορεί το μικρότερο και το λιγότερο σημαντικό; Αλλά γιατί ο Θεός να μη συγχωρεί τις ελαφρότερες ποινές και να ζητεί ιδιαίτερη ικανοποίηση από το αμαρτωλό πλάσμα του; Μήπως διατηρεί μέσα του σπινθήρα οργής τον οποίο πρέπει να σβήσει ο αμαρτωλός ειδικά τιμωρούμενος;
Και στο ζήτημα των αφέσεων υπάρχουν πολλά δυσοικονόμητα και ακατανόητα. Η σύντμηση ή η πλήρης άρση των επιτιμίων στην παρούσα ζωή είναι κάτι το υγιές. Και στην Ορθόδοξη Εκκλησία ο ιερέας μπορεί να συντομεύσει η να άρη τελείως τα επιτίμια. Αυτό έγκειται στην ιερατική εξουσία του, που είναι δοσμένη σ’ αυτόν από το Θεό. Ποιά όμως έννοια έχει η μετά θάνατο προέκταση της διαδικασίας στο καθαρτήριο; Διότι, αν σκοπός είναι η κάθαρση της ψυχής, η άρση της οπωσδήποτε θα βλάψει την ψυχή, ανακόπτοντας την αποκάθαρσή της. Άλλωστε ποιά έννοια μπορεί να έχει η κάθαρση των ψυχών σε χώρους όπου απουσιάζει κάθε δυνατότητα ηθικής βελτιώσεως και εξελίξεως; Εκτός κι αν η όλη διαδικασία νοείται ως μηχανική απότριψη του ρύπου της αμαρτίας, πράγμα φυσικά εντελώς απαράδεκτο.
Τέλος και η διδασκαλία περί του θησαυρού αξιομισθιας των αγίων, όπως την εννοεί και τη χρησιμοποιεί η Ρωμαϊκή Εκκλησία, δεν βγάζει και πολύ νόημα. Ό,τι καλό κάνουν οι άγιοι το κάνουν με τη βοήθεια της χάριτος του Θεού και ποτέ δεν βγαίνει έξω από τον προσωπικό κύκλο του χρέους. Στη βάση αυτή κρίνεται η σωτηρία και η δόξα τους. Αλλά και σε περίπτωση που υπάρχει περίσσεια αξιομισθίας, δεν κατανοούμε πώς τα περισσεύματα αυτά συγκεντρώνονται σε ιδιαίτερο ταμείο και μάλιστα μπορούν να διατεθούν από την Εκκλησία για τη βοήθεια των ενδεών μελών της που τα έχουν ανάγκη. Οι σχέσεις στο πεδίο της χάριτος είναι καθαρά προσωπικές. Δεν είναι σχέσεις λογιστικές και εμπορικές, ώστε να μεταφέρει ο ένας στον άλλον τα πνευματικά του πλεονεκτήματα. Ο άνθρωπος σώζεται με βάση το δικό του προσωπικό έργο. Φυσικά τα μέλη της Εκκλησίας βοηθούν το ένα το άλλο πνευματικά μόνο όμως δια της προσευχής, τα δε αποτελέσματα είναι καθαρά ζήτημα της αγαθότητας του Θεού. Περισσότερα όμως περί των υπερτάτων έργων που είναι η βάση των αξιομισθιών των αγίων, κάναμε ιδιαίτερο λόγο σε προηγούμενό μας ερώτημα.
(Ανδρέου Θεοδώρου «Απαντήσεις σε ερωτήματα συμβολικά», εκδόσεις Αποστολική Διακονία, σελ. 267-270)